Eauprofonde est sans aucun doute la cité la plus tolérante - de n'importe quelle taille - de tout Féérune et peut-être d'ailleurs, en matière de religion. Toutes les fois sont respectées, compte-tenu de la population cosmopolite, tant que le culte d'une divinité quelconque n'implique pas le vol ou la mort d'autres êtres (sacrifices humains ou animaux). Les fidèles peuvent donner leurs biens comme ils le désirent, mais les incroyants ne peuvent être forcés à le faire. Les agressions contre les infidèles sont également interdites (les adorateurs de Tempus, le dieu de la guerre, ne sont par exemple pas autorisés à courir les rues en abattant tous ceux qu'ils rencontrent).

Même s'il désire utiliser le décor des Royaumes Oubliés, le MJ peut introduire des divinités n'appartenant pas à ce monde. Toutes seront ici tolérées; de nombreux voyageurs venus d'autres plans viennent en ville pour faire du commerce. Le MJ doit se rappeler qu'à Eauprofonde, celui-ci est roi. Les clergés qui tentent de le restreindre, qui désirent recevoir d'importantes offrandes en monnaie, ou qui tentent de percevoir une dîme par la force ne seront pas populaires.

Il existe peu de grands temples dans la ville. Dans un centre de commerce aussi important, les prêtres ont une puissance et une influence assez faible. Les grands temples s'installent généralement dans de petites communautés situées sur des routes importantes, où les fidèles peuvent facilement accéder, et d'où ils peuvent dominer - sinon contrôler par la force - la région environnante.

On peut trouver de petits sanctuaires, entretenus par des laïcs et non par un clergé permanent, dans de nombreuses caves ou bâtiments d'Eauprofonde. Les lieux de culte ne sont interdits que dans la Cité des Morts, par ordre des Seigneurs, pour empêcher que les différents clergés ne tiennent certaines tombes pour sacrées - les prétendant exclusivement consacrées à leur divinité - et ne fassent payer un droit pour y entrer ou s'y faire enterrer.

Le personnel et les détails des temples de la Cité - ceux qui possèdent un clergé (hormis les sanctuaires, il s'agit toujours de grands complexes) sont résumés dans le tableau suivant. Tous les clercs sont prêts à servir de Maitres aux aventuriers de leur foi, de leur classe et de leur alignement s'ils ne manquent pas auparavant de faire une offrande correcte au temple.